1、用地問題突出。
一是非農用地指標緊張、供給不足。國土部門要求農用地轉工業用地必須采取“招拍掛”（招標拍賣掛牌方式）公開確定土地價格和土地使用權人，這直接造成土地使用審批手續難、環節多、耗時長、費用高。
二是當前工業用地的標準界定范圍過寬。除養殖房被列為農業用地，地面硬化、工廠化種植、設施農業、收購儲存農戶農產品的倉庫、廠房、修路等均被視為工業用地和建設用地，而農業經營主體在建設加工廠房、飼料房、農產品收購站點、倉庫、冷庫、餐館等必備設施時，審批手續難、申請費用高。
此外技改、擴建、搬遷征地時用地難，土地使用證辦理更難。
2、融資難度大。
目前一些省份已經開展農業用地抵押貸款試點，取得一些成效，但是全國范圍內農業用地還是無法抵押：
一是土地確權工作尚處于起步階段，我國的農村土地權利實行登記生效主義，要實現土地融資功能，以法律文件形式確定權屬關系是基本前提。
二是現有法律規范框架下，農村土地承包經營權、農民住房財產權、農村經營性建設用地使用權“三權”抵押一直受到嚴格限制。
三是配套制度不健全。實踐中部分土地確權已經完成的土地抵押試點地區，由于尚未建立構建土地分等級評估制度，缺乏合格的農村土地和房屋評估中介機構，無法科學對農村土地價值進行評估。
四是市場化的土地流轉機制尚未建立，金融機構通過行使抵押權獲得土地后，難以變現處置。造成具備土地抵押條件的農業經營主體，銀行授信額度小，放貸比例低（一般在固定資產總值的20%-30%），貸款期限短，無法滿足實際需求。
3、稅費優惠政策落實不力。
中央和地方出臺了涉農稅收優惠政策，但具體分解落實相應配套政策時還存在不到位現象。例如農產品專業市場收費中的衛生費和水電費均屬于代收的經營成本，而稅務部門均按營業收入計征所得稅。一些稅收從嚴征管的地區，無法享受農業稅費優惠政策，例如大多數的休閑農業是按照工商企業標準來繳納營業稅，農民自有的宅基地住房發展農家樂也要繳納土地使用稅和房產稅。
此外，還需繳納各種教育費附加、文化建設事業費、水利建設基金、殘疾人就業保障金等等地方費。
4、農村公共品供給不足。
已有的大部分涉農財政項目投資比較分散尚未形成促進一、二、三產業融合發展合力。農村基礎設施和公共服務發展滯后，二三產業的配套支撐不足。硬件上，農村水、電、路、通訊網絡落后，鄉村道路大多狹窄，經營者需要投資建設變電站、修路，大多數的經營者缺乏投資能力與積極性。
大部分農村不具備污水和垃圾處理能力，隨著二三產業發展，污水等生活垃圾倍增，特別是不可降解垃圾，將破壞農村自然生態環境。農村當地人才培育、文化挖掘與傳承等方面財政投入相對較少。
5、用水用電未享受優惠。
中央和地方政府對于涉農行業用電用水均有優惠政策，例如2014年中央1號文件規定“涉農企業或合作社可以享有用水用電優惠”，但實踐中涉農企業用電同一般企業或工業企業相比，并沒有享受到優惠，特別是果品流通企業的冷庫用電、設施農業用電用水均沒有優惠政策。
